Фахівці Харківського науково-дослідного інституту судових експертиз ім. Засл. проф. М. С. Бокаріуса Міністерства юстиції України є висококваліфікованими спеціалістами та проводять складні судові експертизи та експертні дослідження.
Основними видами (підвидами) експертизи, що проводяться в ХНДІСЕ, є:
1. Криміналістична: почеркознавча; лінгвістична експертиза мовлення; технічна експертиза документів; експертиза зброї та слідів і обставин її використання; трасологічна (крім досліджень слідів пошкодження одягу, пов'язаних з одночасним спричиненням тілесних ушкоджень, які проводяться в бюро судово-медичної експертизи); фототехнічна, портретна; відео-, звукозапису; вибухотехнічна; техногенних вибухів; матеріалів, речовин та виробів (лакофарбових матеріалів і покрить; полімерних матеріалів; волокнистих матеріалів; нафтопродуктів і пально-мастильних матеріалів; наркотичних засобів, психотропних речовин, їх аналогів та прекурсорів; спиртовмісних сумішей; ґрунтів; металів і сплавів та виробів з них; наявності шкідливих речовин (пестицидів) у навколишньому середовищі; речовин хімічних виробництв та спеціальних хімічних речовин; харчових продуктів; сильнодіючих і отруйних речовин); біологічна.
2. Інженерно-технічна: інженерно-транспортна (автотехнічна, транспортно-трасологічна); дорожньо-технічна; будівельно-технічна; оціночно-будівельна; земельно-технічна; оціночно-земельна; експертиза з питань землеустрою; пожежно-технічна; безпеки життєдіяльності; інженерно-екологічна; електротехнічна; комп’ютерно-технічна; телекомунікаційна, електротранспортна експертиза; експертиза технічного стану ліфтів.
3. Економічна: бухгалтерського та податкового обліку; фінансово-господарської діяльності; фінансово-кредитних операцій.
4. Товарознавча: машин, обладнання, сировини та товарів народного споживання; автотоварознавча; транспортно-товарознавча; військового майна, техніки та озброєння.
5. Експертиза у сфері інтелектуальної власності: літературних та художніх творів; фонограм, відеограм, програм (передач) організації мовлення; промислових зразків; комерційних (фірмових) найменувань, торговельних марок (знаків для товарів і послуг), географічних зазначень; топографій інтегральних мікросхем; економічна у сфері інтелектуальної власності.
6. Психологічна.
7. Мистецтвознавча.
8. Екологічна.
9. Військова.
10. Судово-ветеринарна.
11. Гемологічна.
Співробітники Харківського науково-дослідного інституту судових експертиз ім. Засл. проф. М.С.Бокаріуса, згідно з чинним законодавством України,
не проводить судово-медичних експертиз. Проведення судово-медичної експертизи здійснюється фахівцями державних установ судово-медичних експертиз МОЗ України.